Червень 1940 року вселив у багатьох людей віру на здійснення їх сподівань, на національне визволення. Але 6 липня 1941 р. до Хотину знову увірвалися загарбники - німецько-румунські війська. Знову почалися роки терору і страждань. Проте і в цих жорстоких умовах надії на визволення не згасали. В місті вже в перші дні окупації була створена антифашистська організація, яка діяла цілий рік і яку очолював Кузьма Галкін. Лише в серпні 1942 р. вона була розсекречена і знищена. Визволено місто було 3 квітня 1944 р. Проте в післявоєнні роки Хотин, як і вся Україна, зазнав впливу тоталітарної комуністичної системи. Незалежність 1991 року стала втіленням вікової мрії хотинчан про свою державу. Сьогодні Хотин - одне з найбільших міст Чернівецької області, важливий промисловий, туристичний і культурний центр Буковини. У вересні 1991 р. під час свята з нагоди 370-річчя Хотинської битви було відкрито монумент на честь гетьмана України Петра Сагайдачного (скульптор І. Гамаль).
У Хотинській фортеці проводилися зйомки багатьох популярних художніх фільмів: "Гадюка", "Захар Беркут", "Балада про доблесного лицаря Айвенго", "Три мушкетери", "Чорна стріла", "Стара фортеця", "Стріли Робін Гуда". Серед недавніх - екранізація кіностудією їм. Олександра Довженка твору відомого українського письменника Юрія Мушкетика "Яса".
Беручи до уваги багаті історичні традиції міста, в 2000 році постановою Кабінету Міністрів України був створений Історико-архітектурний заповідник "Хотинська фортеця". А у вересні 2002 року, згідно указу Президента України, древнє місто відзначило свій 1000-літній ювілей.